Tiền thân Khoa Ngoại ngữ là Tổ Ngoại ngữ trực thuộc khoa Khoa học Cơ bản Trường Đại học Phú Yên. Đến năm 2008, Khoa Ngoại ngữ được tách ra thành một khoa độc lập, thực hiện nhiệm vụ chuyên môn.  

Đội ngũ nhân sự của Khoa Ngoại ngữ ban đầu bao gồm: 05 thạc sĩ, 07 cử nhân. Đến năm 2022, đội ngũ nhân sự của Khoa không ngừng nâng cao về số lượng và chất lượng gồm: 2 Tiến sĩ, 12 Thạc sĩ và 1 cử nhân làm nhiệm vụ giảng dạy và 1 cử nhân làm công tác giáo vụ. Ban Lãnh đạo khoa gồm 1 Trưởng Khoa, 1 Phó Trưởng Khoa, 1 Trưởng Bộ môn và 1 Phó Trưởng Bộ môn. Đội ngũ nhân sự gồm 14 cán bộ, giảng viên biên chế thuộc khoa và 2 giảng viên kiêm nhiệm biên chế ở một số đơn vị khác trong trường.

Khoa Ngọạị ngữ thực hiện các nhiệm vụ: tổ chức thực hiện quá trình đào tạo, kế hoạch giảng dạy của giảng viên và học tập của sinh viên; tổ chức các hoạt động khoa học và công nghệ liên quan đến dạy học ngoại ngữ; tổ chức phát triển chương trình đào tạo, biên soạn giáo trình tài liệu, nghiên cứu cải tiến phương pháp giảng dạy, học tập và thực hiện các chức năng khác nhằm nâng cao chất lượng chuyên môn của khoa và trường; tổ chức phát triển các chuyên đề bồi dưỡng, bồi dưỡng thường xuyên, bồi dưỡng thay sách giáo khoa và đào tạo đội ngũ giáo viên; xây dựng kế hoạch phát triển đội ngũ giảng viên, ngành nghề đào tạo, cơ sở vật chất phục vụ cho đào tạo và nghiên cứu khoa học, tăng cường điều kiện bảo đảm chất lượng đào tạo; xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện công tác giáo dục chính trị, tư tưởng, đạo đức, lối sống cho giảng viên, nhân viên và sinh viên; có kế hoạch đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ cho giảng viên và nhân viên thuộc khoa.

Năm 2007, khoa Ngoại ngữ chỉ có 1 mã ngành trình độ cao đẳng, ngành sư phạm tiếng Anh. Đến năm 2017, khoa đã phát triển được 3 mã ngành; trong đó 1 mã ngành trình độ cao đẳng được xây dựng thành 2 chuyên ngành: Sư phạm tiếng Anh trung học cơ sở (THCS) và Sư phạm tiếng Anh Tiểu học; 1 mã ngành trình độ đại học sư phạm được xây dựng thành 2 chuyên ngành: Sư phạm tiếng Anh trung học phổ thông (THPT) và Sư phạm Tiếng Anh Tiểu học; và 1 mã ngành trình độ đại học ngoài sư phạm được xây dựng thành 2 chuyên ngành: Ngôn ngữ Anh và Biên phiên dịch. Ngoài ra, khoa còn thực hiện nhiệm vụ đào tạo các hệ liên thông chính quy và hệ liên thông vừa làm vừa học (VLVH) cho các chuyên ngành nói trên và giảng dạy tiếng Anh cho sinh viên các chuyên ngành khác trong toàn trường.

Qua chặng đường 10 năm trưởng thành và phát triển, Khoa Ngoại Ngữ đã đào tạo hơn 3000 sinh viên thuộc các chuyên ngành đào tạo. Ngoài ra, khoa thực hiện nhiều công trình nghiên cứu khoa học thiết thực nhằm nâng cao chất lượng giảng dạy và đào tạo: biên soạn hơn 15 giáo trình lưu hành nội bộ phục vụ cho công tác giảng dạy, trong đó có 5 giáo trình là các công trình nghiên cứu khoa học cấp trường mang tính ứng dụng cao, được nghiệm thu với xếp loại Giỏi. Mỗi năm học, Khoa đều tổ chức ít nhất 1 hội thảo và 1 tập huấn về phương pháp giảng dạy, bồi dưỡng và nâng cao trình độ của giảng viên về kỹ năng ngôn ngữ, và ứng dụng công nghệ thông tin trong dạy và học ngoại ngữ. Giảng viên trong Khoa tích cực tham gia viết bài cho các tạp chí khoa học học trong và ngoài trường (19 bài),  Kỷ yếu hội thảo Quốc gia, Quốc tế, và các tạp chí uy tín trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo (18 bài).

Sinh viên tốt nghiệp từ khoa Ngoại Ngữ trường Đại học Phú Yên hàng năm đều nhận được công việc phù hợp với ngành nghề đã học, hoặc có khả năng tự tạo việc làm sau khi tốt nghiệp. Bên cạnh đó, các hoạt động phong trào thi đua trong nhà trường cũng được khoa tham gia hưởng ứng thường xuyên và đạt nhiều thành tích: danh hiệu chi bộ “trong sạch vững mạnh”; danh hiệu “Lao động tiên tiến”. Năm 2016, tập thể đạt danh hiệu “Lao động xuất sắc”; có 100% cá nhân trong tập thể hoàn thành nhiệm vụ được giao, trong  đó có 100 % cá nhân đạt danh hiệu "Lao động tiên tiến", có 01 cá nhân đạt chiến sĩ thi đua cơ sở.

Định hướng trong tương lai, khoa Ngoại ngữ sẽ tiếp tục giữ vững các danh hiệu đã đạt được, thực hiện tốt hơn nữa nhiệm vụ chuyên môn, nâng cao uy tín của khoa trong khu vực và trên phạm vi toàn quốc, nâng cao số lượng giảng viên có trình độ thạc sĩ trở lên, phấn đấu đến năm 2025, đội ngũ Tiến sĩ của Khoa đạt tỉ lệ 20%. Tích cực xây dựng nhiều mã ngành đào tạo, đa dạng hóa hình thức đào tạo, mở thêm các loại hình dịch vụ đào tạo văn bằng 2, đào tạo các chứng chỉ ngoại ngữ theo chuẩn quốc gia và quốc tế. Nâng cao chất lượng giảng dạy trong đội ngũ giảng viên, tích cực tham gia hoạt động NCKH và các hoạt động ngoại khóa, hợp tác với các cơ sở đào tạo trong và ngoài nước, các tổ chức quốc tế, đại sứ quán các nước về đào tạo, trao đổi học thuật, giao lưu văn hoá, góp phần nâng cao hiệu quả hội nhập quốc tế.